北京十二中學生會是在校黨總支指導下，在校團委的直接領導下的進行自我教育、自我管理、自我服務的群眾性學生組織，是廣大同學利益的忠實代表和維護者，是學生和學校各部門間聯系的橋梁和紐帶，是培養學生成長成才的重要載體。
　　學生會現設文體部、學習部、外聯部、宣傳部、生活部共計5個部門，實行主席負責制。在各項工作中，各部門間本著“分工不分家”的原則，相互協調、相互合作，全面服務學生學習和生活。
　　學生會每年補選一次，每一屆的學生會成員的產生都經過嚴格的面試、工作實踐和競選演講、學生代表投票等過程。
　　學生會組織的多項活動深受同學歡迎，例如“情系暖冬，感恩之行”送祝福、校服熊售賣、學生大講堂、廢紙換新本、十二好聲音、新年舞會、校園籃球賽、伙食委員會座談、傳統文化節、智闖鐘樓答題等活動不僅為廣大同學提供了展示自身風采的廣闊舞臺，為來自不同年級的學生提供了交流的平臺，而且在建設銳意進取、和諧斑斕的校園文化進程中發揮了中堅力量。