北京十二中著力構建“真善美交融”的課程文化體系。開發出學科綜合課程、科技創新課程、社會適應課程、國際理解課程四個系列200余門校本課程。形成了“創新算法與發明專利”、“形體藝術”、“少年智慧學”、CAP等一大批精品課程。學生在“求真育智慧”的過程中探索真知、創新實踐，在“崇善育精神”的過程中提升素養、養成善行，最終達到唯美品質、博大胸懷的課程文化育人目標。

　　該體系秉承“真善美”的內在邏輯，橫向劃分為課程系列，依次為綜合系列課程、創新系列課程、社會系列課程和國際系列課程。縱向劃分為課程層次，依次為基礎課程、拓展課程和卓越課程。